Karol Darwin uznał trzy główne rodzaje kompleksów rafy:
1. Bariera raf - rafa równoległa do brzegu, oddzielona przez rozlewiska wody (laguny) i zawierająca co najmniej kilka głębokich części.
2. Rafa atol - okrągła rafa otaczająca rozległe centrum płytkiej laguny.
3. Rafy frędzle - rafy, które rosną bezpośrednio lub bardzo blisko brzegu z zupełnie płytką laguną lub bez niej.